L'orgue és un instrument de teclat i vent en el qual el so s'origina mitjançant la vibració d'una columna d'aire a través dels tubs. La catedral de Menorca, al llarg de la seva història, ha tengut cinc orgues que s'han instal.lat en diferents llocs de l'església. L'orgue actual data de l'any 1993. És de transmissió mecànica, té tres teclats manuals i un pedaler. Està dotat de 2371 tubs.